Alfonso Pisani era nipote del cardinale Antonio Giulio Santoro. Il 18 luglio 1587 successe a Francesco Antonio Santoro nella cattedra arcivescovile di Santa Severina per intercessione dello stesso zio cardinale.

Pisani fece sì che le norme dell’Indice introdotte dal canone, stabilito nel corso di due concili provinciali dall’arcivescovo Francesco Antonio Santoro, divenissero operative. È il periodo in cui la Chiesa consolida la sua azione repressiva contro la cultura attraverso le due congregazioni del Santo Uffizio e dell’Indice, tenendo conto del catalogo dei libri proibiti, emanato nel 1596 dal papa Clemente VIII. Sul territorio il braccio operativo dell’Inquisizione è rappresentato dagli arcivescovi e dai vescovi. Nell’arcidiocesi di Santa Severina è l’arcivescovo Alfonso Pisani, al quale sono dirette le lettere del Santo Uffizio di Roma e dal quale partono gli ordini per i vescovi delle diocesi suffraganee. Supportato dai vescovi e dai vicari presenti nelle diocesi, Pisani vigila e istruisce processi su casi di magia così come di divulgazione di libri eretici. Purtroppo nell’archivio arcivescovile non è rimasto nulla degli incartamenti dei processi per eresia e per magia, eccetto l’elenco dell’inventario delle scritture presenti nell’archivio compilato all’inizio del Seicento. Muore il 31 ottobre 1623. Durante la sua missione fece rifare quasi completamente la cattedrale ed è qui sepolto nella cappella di Santa Maria degli Angeli, da lui stesso, assieme al fratello Giulio Cesare, fatta costruire.